四、病原监测 （一）病毒全基因组测序。 1.测序对象和数量。 （1）所有境外输入病例的标本、入境物品及相关环境阳
性标本。 （2）本土疫情中的首发或早期病例、与早期病例有流行
病学关联的关键病例、感染来源不明的本土病例标本。 （3）疫苗接种后核酸检测阳性者标本。 2.测序要求。 （1）测序单位。以省份为单位确定开展新冠病毒全基因
组测序的机构，包括省级疾控机构和科研机构；不具备测序能 力的省份，可将标本送中国疾控中心完成测序。 （2）测序方法。建议首选膜吸附法（人工）提取核酸，
以二代测序技术进行新冠全基因组测序。具备测序条件的省份要在接收标本后 24 小时内开展测序工作。各省份要建立本省输入、本土病例新冠病毒基因组数据库，及时进行序列对比分析，不具备序列比对分析能力的省份将序列上传至中国疾控中心，由中国疾控中心协助完成。 （3）结果报告与反馈。关键样本要求实验室收到样本后
一周内提供测序结果报告，并在获得测序结果后 4 小时内将基 因序列原始数据(一般为fastq格式)和测序样本相关信息（见 附件10-2）通过信息报送网络模块上传。不具备测序条件的省 份要在病例报告后 48 小时内将病例标本送达中国疾控中心，
中国疾控中心收到标本后应在48小时内启动序列测定工作，获得序列信息后24小时内向送样单位反馈分析结果。 （二）病毒分离培养。 1.病毒分离培养对象。所有境外输入病例的标本、本土疫
情中的首发或早期病例、与早期病例有流行病学关联的关键病 例、感染来源不明的本土病例以及疫苗接种后核酸阳性者标本，核酸检测Ct值低于30开展病毒分离培养。 2.标本要求。进行病毒分离的标本采集时应使用不含病毒
灭活剂的采样液。 3.结果报告与反馈。具有新冠病毒分离、培养资质的省级
疾控机构应开展病毒分离培养工作，收到关键样本后96小时 内开展相关工作，在获得分离毒株后96小时内将毒株送中国 疾控中心保存备案，并将毒株序列等相关信息通过信息报送网 络模块上传。不具备病毒分离条件的省份，要在病例报告后48小时内将病例标本送达中国疾控中心，中国疾控中心收到标本后应在96小时内启动病毒分离工作，获得毒株后96小时内反 馈分析结果。 （三）上送样本要求。 所有输入病例、入境物品及相关环境阳性样本，及本土疫情中的首发或早期病例、与早期病例有流行病学关联的关键病例、感染来源不明的本土病例阳性标本、疫苗接种后核酸检测
阳性者标本及病毒基因测序结果和病毒分离毒株均应上送中国疾控中心。上送标本应同时平行采集2次，混入1管中，然后平均分装成2份，一份由各省（市）疾控机构留存开展相关实验室工作，另一份应在48小时内启动送样程序，上送中国 疾控中心。 （四）管理要求。 1.阳性样本保存要求。各省级疾控机构应保存本省所有新冠病毒核酸阳性样本，核酸检测阳性样本应于-70℃专库/专柜长期保存，阴性样本待核实无误后由各单位妥善处理。 2.标本复核。省级疾控机构应及时将新发现的变异株基因
组序列测定结果和标本报送中国疾控中心进行分析复核。 3.定期通报。中国疾控中心负责每月对各省病原监测工作情况进行总结通报。 五、变异株影响监测 （一）监测对象。 我国新发现的所有新冠病毒变异株，以及所有世界卫生组 织（WHO）定义为“关注变异株”（Variant of Interest，VOI） 和“关切变异株”(Variant of Concern，VOC)。 1.关注变异株：指可导致社区传播或聚集性疫情，或在多个国家检测发现的病毒变异株。 2.关切变异株：指在监测发现的关注变异株中，可能会导致传播力增强、毒力增加、改变疾病严重程度，或对现有的诊断、 治疗药物与疫苗等防治手段带来影响的病毒变异株。 （二）监测要求。 1.具备评估能力的省级疾控机构应对本省新发现的新冠病毒变异株及时开展新冠病毒核酸检测试剂和疫苗保护效果影响的评估，同时将评估结果报送中国疾控中心进行复核；不具备评估能力的省份，可按要求将标本送中国疾控中心开展核
酸检测试剂和疫苗保护效果影响的评估。 2.中国疾控中心发现变异株影响检测试剂灵敏性和疫苗保护效果时，应及时将相关情况上报国务院联防联控机制综合组。3.对发现影响检测试剂灵敏性的变异株，中国疾控中心及具备条件的省级疾控机构实验室应及时根据变异株核酸序列，建立特异核酸检测方法。 六、监测信息报告 （一）病例信息报告与订正。 各级各类医疗卫生机构发现疑似病例、确诊病例时，应当于2小时内通过中国疾病预防控制信息系统进行网络直报。所有报告病例应填报“病例分类”，选择“疑似病例”或“确诊病例”。疾控机构在接到报告后应当立即调查核实，于2小时内通过网络直报系统完成报告信息的三级确认审核。不具备网络直报条件的医疗机构，应当立即向当地县级疾控机构报告， 并于2小时内将填写完成的传染病报告卡寄出。县级疾控机构 接到报告后，应当立即进行网络直报，并做好后续信息的订正。 第三方检测机构发现检测样本结果为阳性的，应当立即上 报所在地县级卫生健康行政部门，并由医疗机构或属地疾控机
构在 2 小时内将相关信息进行传染病网络直报。定点医疗机构 根据其后续临床诊断与进展对已报告信息予以订正，如出现临
床表现，应将其由无症状感染者订正为确诊病例。 疑似病例确诊或排除后应当及时订正。所有病例根据病情变化24小时内订正临床严重程度。病例出院后，在24小时内 填报出院日期。病例死亡后，在24 小时内填报死亡日期。出院后的确诊病例出现“复阳”情况，可在该个案的传染病报告
卡中进行备注说明，无需进行重复报告。 各县（区）出现首例新冠肺炎确诊病例，辖区疾控机构应 当通过突发公共卫生事件报告管理信息系统在 2 小时内进行网 络直报，事件级别选择“未分级”。根据对事件的调查评估，及时进行调整并报告。 （二）无症状感染者信息报告与订正。 各级各类医疗卫生机构发现无症状感染者时，应当于 2 小 时内进行网络直报，在病例类型处选择“阳性检测”，临床严 重程度中只能选择“无症状感染者”。发病日期为阳性标本采集时间，诊断日期为阳性检出时间。如后续出现相关症状或体征，需在24小时内订正为确诊病例，其发病日期订正为临床 症状或体征出现的时间。解除集中隔离医学观察后，医疗卫生机构需于24小时内在网络直报系统传染病报告卡中填报解除隔离日期。解除隔离后的无症状感染者出现“复阳”情况，可在该个案的传染病报告卡中进行备注说明，无需进行重复报告。 （三）核酸检测数据报送。 各省联防联控机制每月收集辖区内人群、物品和环境核酸 检测数量和阳性数，并将汇总数据（见附件）报送至国务院联防联控机制综合组。 七、监测管理要求 各省联防联控机制要按照本方案的要求，结合当地情况细 化本省的新冠肺炎监测工作实施方案。指导各有关部门做好信
息报告工作，提高信息报告的及时性、准确性和完整性。监测 过程中，有关病毒毒株和标本的采集、运送、保藏和检测等各 项活动均应遵守国家相关生物安全管理规定。各地要建立督导
和评估机制，督促监测工作任务落实，评估监测工作质量。 |
