基于这个根本原理，儒医当然不再采用「鬼神致疾说」，也不太采信「风邪外感说」。对于治病，亦不甚讲「调经理气」。
也就是说，儒医基本上并不认为身体不适是因脏腑或经脉不调所致，因此才会有像章太炎和日本古方派那样，完全放弃《内经》经络脏象体系的。
大部份儒医不如此极端，多半仍兼用经络脏象腧穴说。但认为经络不调不是原因，而是结果，是因人不能治心养气才导致了经脉不畅、脏象失调之恶果。所以病因起于心，治病之法亦须在心上做工夫。
日本医宗丹波康赖所著医籍，称为《医心方》，就很精确地表达了这个宗旨。孔子说“仁者寿”。仁者是什么，哲学家讲来讲去，阐释万端，其中程伊川有个讲法颇简要。他说仁之在人，就像果子的核仁。桃有桃仁、杏有杏仁，把果仁种到地上，就能生长成树木，开花结果。所以这个仁，就是生机，就是生生不已的动力所在，这不也是对“仁者寿”的解释吗？
仁即是心、是生。仁不好，果木自然长不好；心不好，人自然也就病殃殃的。魏晋时竹林名士王戎，其实是个忌刻的吝啬人，他家有李子，结果很好，远近争购。但他怕别人用这李子仁去种植，所以每颗李子都鑚个洞，把仁破坏了，让别人种不出来。果树如此，人也一样。心出了毛病，身体能好吗？
心怎么养？《易经·颐卦》说：“养正而吉”，又说要“慎言语、节饮食”。正，就是不偏不倚、不过也勿不及。饮食、男女、起居、动静，什么都只要中正和平就好，不禁遏，也不放逸。
养心，并不是就不养耳目身体了。荀子说得好：“刍豢稻粱，五味调香，所以养口也；椒兰芬苾，所以养鼻也；雕琢刻镂、黼黻文章，所以养目也；钟鼓管磬、琴瑟竽笙，所以养耳也；疏房檖貌、越席床笫几筵，所以养体也。”儒家不像佛教讲禁欲、道教讲辟谷，认为人生口体之养乃是自然的生命需求，所以当然应该满足。就像养小孩，能不让他吃吗？养生之养，本来就应如此。
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