阴阳五行等的哲学思考的概念应用于人体与各种脏腑器官的概念开始形成。在这些过程中，仍然必须反复地提炼升华，以前是四行，后来是五行，这些概念也不是天上掉下来的，既使是经络等概念都是有经过变化的。这些都有前后的考古典籍等佐证来说明其概念的变迁。 而概念在自然语言中很重要，相同的词在不同的语境里有不同的概念。而研究中医也需要了解其中的差异，有很多的争议就是在于用法的不同，其概念存在差异。比如"科学"这一概念，词典里说的是社会、自然等学科、研究的方法等。说中医不是"科学"，这里的科学就不是科学的门类，而是一种科学研究的方法，即分析的方法，而科学方法很多，逻辑推理、数学统计、实验分析等等，因此这种概念的差异，需要明确区分。更确切地说就是用词不当，"科学"一词应改为"分析研究的方法"。"文章和文件都应当具有三种性质：准确性、鲜明性、生动性。准确性属于概念、判断和推理问题，这些都是逻辑问题……现在许多文件的缺点是，第一，概念不明确，第二判断不恰当，第三使用概念和判断进行推理的时候又缺乏逻辑性……"（毛主席《工作方法六十条》） 词语的用法不明确会产生很多争议，因此理论需要有明确的词义，中医的很多用词确有争议，但不能因不同的理解就否认理论本身有错。 （三）从实践到理论的飞跃 《实践论》"原来人在实践过程中，开始只是看到过程中各个事物的现象方面，看到各个事物的片面，看到各个事物之间的外部联系。""概念这种东西已经不是事物的现象，不是事物的各个片面，不是它们的外部联系，而是抓着了事物的本质，事物的全体，事物的内部联系了。概念同感觉，不但是数量上的差别，而且有了性质上的差别。循此继进，使用判断和推理的方法，就可产生出合乎论理的结论来。" 中医这些概念，使用哲学名词，"阴、阳、五行"，同时产生一些与生命规律相关的生理概念，比如气、血、津、五脏、六腑等，通过哲学思辨，建立起这些概念之间的关系，由于生命的复杂性，描述是很大的难度，这才有《黄帝内经》这部《素问》81篇、《灵枢》81篇，十多万字的巨著。 这些还不能构成中医的全部，还有药物的研究之作，将药物与阴阳五行相联系的《神农本草经》，更有整体论下，将疾病与生理构成完整的三阴三阳病的临床变化的著作《伤寒论》及《金匮要略》。 前构造阴阳五行的哲理，后论述生理与病理的关系等等，通过构造整体的系统概念，将生理、病理、药性等等串联起来，通过哲学名词构成多层次、相互交叉的复杂系统，这些名称是属于系统的整体，不能简单地理解释成某一物，某个局部。它是整体下的构成，整体下的局部，不能脱离整体来认识。 《实践论》"论理的认识所以和感性的认识不同，是因为感性的认识是属于事物之片面的、现象的、外部联系的东西，论理的认识则推进了一大步，到达了事物的全体的、本质的、内部联系的东西，到达了暴露周围世界的内在的矛盾，因而能在周围世界的总体上，在周围世界一切方面的内部联系上去把握周围世界的发展。" 有人认为中医只有经验，没有理论，那么只能说明他们根本不懂那些中医，他们的"错误，在于不知道感觉材料固然是客观外界某些真实性的反映（我这里不来说经验只是所谓内省体验的那种唯心的经验论），但它们仅是片面的和表面的东西，这种反映是不完全的，是没有反映事物本质的。要完全地反映整个的事物，反映事物的本质，反映事物的内部规律性，就必须经过思考作用，将丰富的感觉材料加以去粗取精、去伪存真、由此及彼、由表及里的改造制作工夫，造成概念和理论的系统，就必须从感性认识跃进到理性认识。这种改造过的认识，不是更空虚了更不可靠了的认识，相反，只要是在认识过程中根据于实践基础而科学地改造过的东西，正如列宁所说乃是更深刻、更正确、更完全地反映客观事物的东西。"（《实践论》），这里即批评了中医产生于"内观"的观点，也批评了"中医只有经验"。中医的理论是将经验升华，凝炼，反映生命健康规律的，就象中医理论中的阴阳变化，表里变化，寒热变化等等，通过外在的脉象，与内在的病机相结合，又怎么简单用经验表示，而那些诊断后的治疗又怎么与药物的四气五味相结合，而药物的君臣佐使的综合作用更不可能仅靠经验能解决，而对于疾病的发生与发展在中医冶疗后可能产生的变化的相应把握，更需要理论与实践相结合。中医的理论来源于整体，服务于整体，那种将整体分离的认识，只看外在的诊断，而没有仔细思考内在病机的郞中，就成为各代名医著作里谴责的"庸医"。
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