广东分离出新冠病毒B.1.1.7英国突变株后再现501Y.V2南非突变株

疾光云

      2021年1月6日，广东省疾控中心成功从一例境外输入南非籍新冠肺炎病例的咽拭子中分离出501Y.V2南非突变株。这是广东省疾控中心继1月2日在一名英国输入新冠肺炎确认病例的咽拭子样本中发现了B.1.1.7突变株以来，再次发现并成功分离出新冠病毒突变株。
      该病例为闭环管理的南非入境人员，男性，55岁，南非籍，航空公司飞行员。2020年12月8日晚从新加坡入境广州并采集鼻咽拭子进行核酸检测，结果为阳性。随后该名病例由负压救护车转运至广州市第八人民医院进一步隔离治疗。12月31日，广东省疾控中心收到广州市第八人民医院采集的病例咽拭子样本，马上开展病毒分离和基因测序分析工作，2021年1月5日晚，通过对原始样本和病毒分离培养物的再次复核鉴定，病毒基因组序列属于B.1.351亚型，提示为501Y.V2南非突变株。该病例目前仍在广州市第八人民医院住院治疗。
      501Y.V2南非突变株基因组序列与参考基因组Wuh01（序列号MN908947）相比，具有23个核苷酸变异位点，除了与英国突变株B.1.1.7亚型有相同的N501Y突变外，不同之处在于还包含了对病毒感染能力有潜在重要影响的S蛋白E484K和K417N两个关键位点的突变。
      501Y.V2南非突变株于2020年10月中旬首次在南非发现，2020年11月初起成为当地流行的主要毒株。目前，该突变株正在南非迅速传播，并且逐级取代了在该国东开普省、西开普省和夸祖鲁-纳塔尔省传播的其他型别的新冠病毒。根据世界卫生组织通报，截至2021年1月5日，除南非以外已有7个国家发现了该突变株。世界卫生组织专家认为，该南非突变株的传播力和致病力都需要进一步研究。
      广东省疾控中心先后发现新冠病毒英国突变株和南非突变株，均是对自去年9月以来我省境外输入确诊病例、无症状感染者的样本进行回顾性基因测序分析发现。这些病例都能被广东省灵敏的疾病监测系统捕捉到，及时被纳入闭环管理，造成社区感染的风险极小。
      广东省疾控中心将继续加强对新冠病毒突变株的研究，密切跟踪新冠疫苗对突变株的免疫保护效果评估，加强对突变株的基因测序分析和监测工作，进一步落实各项防控措施，确保相关突变株不在我省造成后续传播。

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诗祖酿

      据日本媒体报道，日本厚生劳动省2021年1月10日宣布，从4名由巴西飞抵日本、在机场检疫中判明感染新冠肺炎的男女乘客身上，检测出了与英国和南非类型不同的新型变异新冠病毒。这4人分别是2日从巴西到达羽田机场的40多岁男性、30多岁女性、10多岁的男性和女性。 40多岁的男性到达时无症状，但后来由于呼吸状态恶化紧急住院。30多岁的女性和10多岁的男性分别有头痛和发烧的症状，10多岁的女性没有症状。从4人体内检测出的病毒虽然与英国和南非发现的病毒也有共通的变异部分，但属于不同的新变异种。其传播能力以及是否更易致重症化等当时不清楚。但巴西研究机构近日公布了有关该变异病毒的起源情况。
      据日本共同社2021年1月14日报道，巴西国立研究机构的研究人员针对日本发现的新型变异病毒表示，这是从巴西西北部亚马逊州传播而来。该州也刚好是这4人的出发地，目前疫情正在急速扩大。研究员菲利佩·娜贝卡推测并担忧，从形态上来看，这种新型病毒的传染性比之前的新冠病毒更强。
      此前，英国及南非相继发现新冠病毒新变种，英国方面称，新冠病毒新变种的传染力更强。此外，美国俄亥俄州州立大学韦克斯纳医学中心的科学家在当地哥伦布市，也发现了两种新的新冠病毒“变异毒株”，这两种毒株可能都是在美国本土发生的变种。
      另一方面，由于疫情形势严峻，日本首相菅义伟13日在记者会上宣布，将暂停与中国、韩国等11个国家和地区间的商务相关人士往来。由此，日本原则上禁止来自全世界的外国人新入境。（海外网 吴倩）

医匡天下

    2021年3月12日，广东省疾控中心成功从两例境外输入新冠肺炎个案的鼻咽拭子中首次发现B.1.525尼日利亚突变株，病毒分离工作仍在进行中。这是广东省疾控中心继1月2日在一名英国输入新冠肺炎确诊病例的咽拭子样本中发现了B.1.1.7突变株、1月6日在一例境外输入南非籍新冠肺炎病例的咽拭子中分离出501Y.V2南非突变株以来，再次发现新冠病毒突变株。
     该两名病例均为境外输入的无症状感染者，在闭环管理中被发现，分别于2月21日、2月22日报告为无症状感染者，目前仍在医院接受集中医学观察。3月5日，广东省疾控中心收到广州市疾控中心上送的两名病例鼻咽拭子样本，立即开展病毒分离和基因组测序分析工作。2021年3月12日上午，通过对原始样本基因测序分析，结果提示为B.1.525亚型，尼日利亚突变株。
     目前新冠病毒尼日利亚突变株已在全球26个国家发生传播。有研究报道发现，尼日利亚突变株让病毒传播力增强，容易导致抗体中和逃逸现象出现，可能导致感染过新冠肺炎病例再次感染。
广东省疾控中心提醒市民，仍要坚持做好个人卫生，保持勤洗手、戴口罩、一米距、勤通风的“防疫四件套”。
     广东省疾控中心先后发现新冠病毒英国突变株、南非突变株及尼日利亚突变株，均是对境外输入病例样本进行回顾性基因测序分析发现。这些病例都能被广东省灵敏的疾病监测系统捕捉到，及时被纳入闭环管理，造成社区感染的风险极小。
     广东省疾控中心将继续加强对新冠病毒突变株的监测和研究，做好境外输入病例疫情溯源及病毒变异监测工作，密切跟踪新冠疫苗对突变株的免疫保护效果评估，进一步落实各项防控措施，确保相关突变株不在我省造成后续传播。（南方Plus客户端  李秀婷）

美丽乡村

     儿童的鼻窦发育不全，与成人相比，他们的ACE-2受体（冠状病毒与细胞结合的部位）较少。专家们普遍认为，这就是儿童能够免受严重新冠病毒伤害的原因之一。
     但现在的情况有点变化，英国变种病毒B.1.1.7开始成为美国的主力毒株，加州大学旧金山分校病毒学家杰伊·列维（Jay Levy）博士表示，实验室研究表明，B.1.1.7变异病毒比早期病毒更能附着在ACE-2受体上。
     这一理论可以解释在最近美国出现的第四波疫情中，青少年的感染病例增加，此外，越来越多未成年人广泛返校复课并参加各种体育赛事和活动，也起到了推波助澜的作用。
     不过，值得安慰的是，虽然儿童看来更容易感染B.1.1.7变异病毒，但似乎并没有因此而增加重症率。近期数据显示，儿童的住院率并没有显著变化，重症病例在儿童中仍然很少见。
根据美国卫生与公众服务部保护公共数据中心（HHS Protect Public data Hub）提供的数据，2021年1月1日儿科住院率为每10万人1.9例，2021年4月1日为每10万人1.4例。
     “没有证据表明，在18岁以下的人群中，疾病的严重性有所增加，”传染病专家、加州大学旧金山分校医学教授莫妮卡·甘地（Monica Gandhi）博士说。（《儿童什么时候可以打疫苗，他们更容易感染变种病毒吗》纽约华人资讯网主笔 詹涓）

弹冠相庆

近日，中国疾控中心官网发布的《中国疾病预防控制中心周报(英文)》中披露，4月30日广东从两例境外输入病例中首次发现新冠病毒巴西突变株，这是广东继报告发现501Y.V1英国突变株、501Y.V2南非突变株和B.1.525尼日利亚突变株后，第四次检测到国际主流的新冠病毒突变株。

中国疾控中心官网文章报道广东发现新冠病毒巴西毒株截图

中国疾控中心官网文章截图。

文章介绍，4月15日，一名62岁男性和一名58岁女性（系夫妻关系）从加拿大乘飞机抵达广州，在进行鼻拭子检测后转运至隔离酒店。两位患者的核酸检测均为阳性，并于4月16日被救护车送往广州市第八人民医院接受隔离治疗，28名密切接触者均已接受集中隔离和医学观察。

文章称，4月21日，广东省疾控中心收到样本后进行病毒分离和基因测序分析。4月30日，测序分析结论显示，这2个病毒基因组属于谱系P.1, 20J/501Y.V3，即2020年底首次在日本报告发现的巴西突变株。

目前，世界卫生组织将英国突变株、南非突变株、巴西突变株列为高度关注的病毒变种，并每周通报突变株监测情况。截至5月4日，共有142个国家报告发现英国突变株、97个国家报告发现南非突变株、56个国家报告发现巴西突变株。（南方+客户端  余嘉敏）

火云神邪

      自去年（2020年）末首次在印度发现后，新冠病毒变异株B.1.617已经扩散到包括美国、新加坡、英国在内的几十个国家，并在这些国家的部分地区成为了主要流行株。
      目前，研究人员已经鉴定出该变异株的三种亚型：B.1.617.1（即“最早的”B.1.617）、B.1.617.2、B.1.617.3，每个亚型的遗传组成稍有不同。
　　研究人员正全力以赴研究这些变异株，努力搞清楚它们会如何在它们已经“立足”的国家左右疫情发展。一些关键问题仍有待回答，比如这些变异株的传播速度有多快，它们的免疫逃逸潜力如何，以及它们是否能导致更严重的病情。
　　这些研究很多都会以标准流行病学的形式开展——通过检测确诊感染、找出感染的变异株，以及将这些数据与患者的临床症状和疫苗接种状况进行交叉对照。研究人员还能从基因组测序数据中获得重要信息，确定B.1.617亚型中有哪些突变，并将这些突变与行为已被我们了解的之前变异株的突变进行比较。

传染性更强

　　“我会研究单个突变，因为每一个突变都有我们认为会增加传染性的特性。”英国莱斯特皇家医院顾问病毒学家Julian Tang说。传染性是衡量变异株人际传播速度的指标，传染性增加或将助推疫情，给医疗卫生系统和疫苗接种等防疫工作带来更大压力。比如B.1.617.2变异株携带了名为452R和478K的突变，Tang认为这两种突变都与传染性增加有关。这两种突变都能改变新冠病毒用来入侵人类细胞的刺突蛋白。
　　研究人员还能快速追踪B.1.617.2的传播情况，因为它的基因组携带了主要流行株B.1.1.7缺少的一个标志物。这个标志物被称为S基因靶点（S gene target），用于诊断感染的PCR检测的部分结果会显示这个标志物是否存在，因此，阳性S靶点可作为一个替代指标，在无需对样本进行完全测序的情况下快速了解B.1.617.2的传播情况。S基因检测以及对英国病毒样本更加详细的测序数据显示，B.1.617.2打败了B.1.617的其他两个亚型，有取代B.1.1.7 之势，成为推动英国新一波疫情的最常见流行株——B.1.1.7是2020年末在英国东南部发现的一种变异株。
　　“我们预计眼下在整个英国，半数感染都来自B.1.617.2变异株。”正在追踪感染人数的比利时天主教鲁汶大学生物学家Tom Wenseleers说。他在网上分享的一项对英国测序数据的分析显示，B.1.617.2感染病例每天的增加速度可能比B.1.1.7还快13%。
　　5月12日发表的一份报告中，科学大流行病流感建模小组操作分组（Scientific Pandemic Influenza Group on Modelling, Operational subgroup）这个英国政府咨询委员会表示，根据现有数据，B.1.617.2的传染性比B.1.1.7强50%。
　　“传染性强50%的预测听起来完全可信，”英国剑桥大学微生物学家、英国COVID-19基因组学英国联盟负责人Sharon Peacock说，“我认为随着数据的增加，我们会更加肯定，但你也不能忽略实际发生的情况。”
　　Peacock解释道，目前而言，B.1.617.2的激增并没有让英国病例总数大幅增加——仍比该国1月的最近一次高峰要低很多。不一样的是，人们现在感染的是新变异株，而不是B.1.1.7。“我们现在看到的是谱系的更迭。”她说。

免疫逃逸

　　研究人员很想知道的另一个问题是：疫苗对B.1.617变异株是否依然有效。如果这些变异株中有毒株能逃逸人体从疫苗或之前病毒暴露中获得的免疫保护，它们就有引发新一波感染的潜力，从而打乱解除封锁等限制措施的计划。
　　英国已有一半人口打过至少一剂新冠疫苗，理论上说，B.1.617.2在英国的传播速度加快可能预示着它能逃逸疫苗保护。但Wenseleers表示，基本没有证据证明疫苗逃逸在推升感染人数。博尔顿是英国西北部的一个疫情热点地区，来自博尔顿5月中旬的初步数据显示，当地因感染B.1.617.2住院的大部分患者都没打过疫苗。在对该变异株检测呈阳性的18名住院患者中，约5人打过一剂疫苗，只有1人打过两剂疫苗。
　　Wenseleers分析的其他数据也显示，英国西北部的B.1.617.2感染病例一开始聚集在并未常规接种疫苗的青少年群体，之后传播到了30、40岁的人群中，而在50岁人群中的感染率较低——这个人群接种完两剂疫苗的可能性更高。“这让人松了口气。”他说。
　　基因测序数据显示，B.1.617.2的快速传播不太会像B.1.617.1的传播一样，对疫苗接种工作构成影响。Tang说，B.1.617.2中鉴定出的452R和478K突变都和传染性增加以及疫苗逃逸有关。但B.1.617.1 还携带另一个名为484Q的突变，这个突变与疫苗逃逸的相关性更强[1]。而B.1.617.2中没有发现这个突变。
　　让人安心的是，B.1.617变异株亚型中没有发现与病情加重有关的突变，Tang说。
　　研究人员还能在实验室检测抗体中和不同病毒变异株的能力。《自然-医学》[2]5月17日发表的一项研究显示，这类检测对于现实世界免疫保护具有“很好的预测性”。一些实验室检测表明，疫苗对B.1.617.1亚型的效力可能会下降[1]。对B.1.617.2的类似实验结果尚未发表，但英国公共卫生部5月23日发布的数据显示，两剂辉瑞-BioNTech和牛津-阿斯利康疫苗都对B.1.617.2有效。

模拟未来传播

　　一些关键问题仍没有答案，包括B.1.617.2的传染性比其他变异株强了多少——比如已经在英国等国家形成传播链的B.1.1.7变异株。“有可能强了50%，但也有可能强10%或60-70%。”伦敦大学学院医疗卫生研究员Christina Pagel说。有了具体的答案，研究人员就能构建出更准确的模型，了解这些变异株会在它们流行的国家如何影响疫情发展，包括英国。“这将极大地改变今年夏天可能出现的情况。”Pagel说。“20%到50%的差距就像一场温和的疫情和1月出现的那种高峰之间的差距。所以我们真的要把这个数字确定下来。”
　　Pagel还想知道关于疫苗有效性的结果是否能让人放心。“光说疫苗‘有效’没什么用，因为有效的范围很广。”她说。疫苗效力试验主要关注疫苗防重症和防死亡的能力。但她认为，我们还要知道打过疫苗的人是否会在感染 B.1.617.2后不发病，然后传给别人。如果是这样的话，“你就无法达到本来可以达到的群体免疫水平了。”
　　Peacock表示，继续从英国疫情中收集流行病学数据将帮助回答以上问题，还有助于预测B.1.617变异株在其他国家的潜在影响，尤其是在还无法获得大量疫苗的发展中国家。“很重要的是，我们可以通过统计这些数据为全球社会尽一份力。”她说。
　　
参考文献
　　[1] Collier, D. A. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-03412-7 (2021).
　　[2]Khoury, D. S. et al. Nature Med. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01377-8 (2021).
　　原文以What scientists know about new, fast-spreading coronavirus variants为标题发表在2021年5月24日的《自然》的新闻版块上
      © naturedoi:10.1038/d41586-021-01390-4
   　© 2021 Springer Nature Limited. All Rights Reserved（果壳 原作者David Adam）

雄霸

火云神邪 发表于 2021-6-4 18:31
自去年（2020年）末首次在印度发现后，新冠病毒变异株B.1.617已经扩散到包括美国、新加坡、英国在内 ...

拿英国的举例没有用，别人用的是mrna疫苗，国产的是灭活疫苗。应该举的例子是去越南回来感染的那5个专家，还有深圳盐田港的那7个人，他们打的都是国产疫苗。基本上就是谁接触谁感染的那种，你说是有效还是无效？